Etiketter

Leta i den här bloggen

söndag 24 januari 2016

Tumakalvo, tumalamina, SREBF1

Structure and function of the nuclear lamina. The nuclear lamina lies on the inner surface of the inner nuclear membrane (INM), where it serves to maintain nuclear stability, organize chromatin and bind nuclear pore complexes (NPCs) and a steadily growing list of nuclear envelope proteins (purple) and transcription factors (pink). Nuclear envelope proteins that are bound to the lamina include nesprin, emerin, lamina-associated proteins 1 and 2 (LAP1 and LAP2), the lamin B receptor (LBR) and MAN1. Transcription factors that bind to the lamina include the retinoblastoma transcriptional regulator (RB), germ cell-less (GCL), sterol response element binding protein (SREBP1), FOS and MOK2. Barrier to autointegration factor (BAF) is a chromatin-associated protein that also binds to the nuclear lamina and several of the aforementioned nuclear envelope proteins. Heterochromatin protein 1 (HP1) binds both chromatin and the LBR. ONM, outer nuclear membrane. Coutinho et al. Immunity & Ageing 2009http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18435918

Kolesterolin homeostaasista hyvä artikkeli.  Se on pitkä olen itse kahlannut sitä vasta puoleenväliin.

 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3204063/


Eräs olennainen asia: kolesteroli on erittäin tärkeä molekyyli ihmiselle, koska se kuuluu ihmisen suojaan, kalvojen  suojarakenteeseen. Sen takia keho  tuottaa sitä  joka solullaan tarpeen mukaan.. Ainoa haitta kolesterolin automaattiselle homeostaasille   on käytännölllisesti katsoen se . että ihmiset  syövät sitä valmiissa muodossa liikoja, jolloin se on vain eräs  molekyyli, joka pitää  maksan avulla hävittää ja erittää, koska sitä ei voi käyttää energiaksi  ja polttaa lämmöksi,  se on siksi monimutkainen. - tai sitten  synteesin yksipuolisia raaka-aineita syödään  liikaa  siten että koko geneettiinen  lipidikirjotasapino  järkkyy, koska  kolesterolia syntyy  absoluuttisen  välltämättömänä molekyylinä hyvin perustavista elementeistä joita  tulee sokerista ja  kovasta rasvasta.
Tyydyttämättömät öljyt  ylittävät sen  kynnyksen että ne pelkästään rasittaisivat  ja paisuttaisivat kolesterolisynteesitietä koska niistä voi tulla  tasapainoisesti muita kalvolipidejä.

Varsinainen kolesterolin normalisointi pitäisi alkaa  rafiiknnoidun sokerin ja kovien rasvojen vähentämisestä.  Lisäksi  jos haluaa suojata omaa maksaansa ja sappeansa  valmiin kolesterolin detoksiakaatiokuormalta, ei käytä 1 kananmunaa enempää kolesterolia   päivässä.   Hiven  ravintokolesterolia antaa kyllä  pientä tukea endogeeniselle kolesterolitehtaalle- että sen ei tarvitse käydä  ylikierroksilla.  siis noin 300 mg kolesterolia päivässä , kuten  yhdessä  kananmunassa.

Kaikenlaiset kolesterolia alentavat lääkkeet ovat varmaan hyödyksi koska nykyihmiskutna syö todella aivan järkyttävän  epäfysiologisesti.

Jos niistä kolesterolia alentavista lääkkeistä  tulee lihaskipuja,  se saattaa olla paha merkki.  Ei sovi silloin. Parempi koettaa  järkevöidä ravintoa - tosin  nykyajan ylijärkevä ihmiskunta  menee johtopäätöksissään usein  väärään ja  luonnonkansoilla saattaa olla   siinä suhteessa joitain etuja.  ei kai eläinkunnassakaan ole kolesteroli ja lipidiongelmaa muuta kuin ihmisen hoitamilla eläimillä.


Kolesterolivaikutus tumassa ?

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26754536

Lipids Health Dis. 2016 Jan 12;15(1):4. doi: 10.1186/s12944-015-0175-2.
Why high cholesterol levels help hematological malignancies: role of nuclear lipid microdomains.
Abstract
BACKGROUND:
Diet and obesity are recognized in the scientific literature as important risk factors for cancer development and progression. Hypercholesterolemia facilitates lymphoma lymphoblastic cell growth and in time turns in hypocholesterolemia that is a sign of tumour progression. The present study examined how and where the cholesterol acts in cancer cells when you reproduce in vitro an in vivo hypercholesterolemia condition.
METHODS:
We used non-Hodgkin's T cell human lymphoblastic lymphoma (SUP-T1 cell line) and we studied cell morphology, aggressiveness, gene expression for antioxidant proteins, polynucleotide kinase/phosphatase and actin, cholesterol and sphingomyelin content and finally sphingomyelinase activity in whole cells, nuclei and nuclear lipid microdomains.

RESULTS:

We found that cholesterol changes cancer cell morphology with the appearance of protrusions together to the down expression of β-actin gene and reduction of β-actin protein. The lipid influences SUP-T1 cell aggressiveness since stimulates DNA and RNA synthesis for cell proliferation and increases raf1 and E-cadherin, molecules involved in invasion and migration of cancer cells. Cholesterol does not change GRX2 expression but it overexpresses SOD1, SOD2, CCS, PRDX1, GSR, GSS, CAT and PNKP. We suggest that cholesterol reaches the nucleus and increases the nuclear lipid microdomains known to act as platform for chromatin anchoring and gene expression.

CONCLUSION:

The results imply that, in hypercholesterolemia conditions, cholesterol reaches the nuclear lipid microdomains where activates gene expression coding for antioxidant proteins. We propose the cholesterolemia as useful parameter to monitor in patients with cancer.
PMID:
26754536
[PubMed - in process]

PMCID:
PMC4709975

Free PMC Article

måndag 12 oktober 2015

Mevalonaatitiestä on uusi väitöskirja

https://gupea.ub.gu.se/handle/2077/39229
Titel: Inhibition of the mevalonate pathway in C. elegans: Consequences and implications
Författare: Ranji, Parmida

Tämä on niin mielenkiintoinen aihe, olen pohtinut monta kertaa miten ihmeessä voidaan estää mevalonaattitietä ilman seuraamuksia. Katsataan mitä tämä antaa tämä thesis.  Tämä on jolloin C.Elegansilla tehty
Wikipedia näyttää siitä hahmon:
 https://fi.wikipedia.org/wiki/Caenorhabditis_elegans

MEVALONAATTI -tie vastaa ihmisessä  kolesterolin syntetisoimisesta ja sen ohella  monesta tärkeästä biomolekyylistä, kuten  Q10, koentryymi Q:sta, joka on mitokondriassa elektronitransporttiketjun komponentti , dolikoleista ( jotka ovat  tärkeitä N-linkin tekevässä proteiinin glykosylaatiossa) ja isoprenoidesita( jotka voat tärkeitä pienten GTPaasien liittymisessä kalvoon).
Tämä väitöskirja  käsittää uusia havaintoja  statiinien vaikutuksesta mevalonaattitiehen ja tässä käytetään apuna C- elegans- matoa  malliorganismina.
STATIINIT ovat kolesterolia alentavia lääkeaineita, jotka estävät entsyymiä HMG-CoA-reduktaasi. Tämä entsyymi on  mevalonaattitiessäå syntetisoitumistahtia rajoittava  ja tällä tavalla statiinit  pystyvät rajoittamaan kolesterolin ja muiden tämän tien biomolekyylien syntetisoitumisia..
C. ELEGANS  toimii  erityisen tehokkaana mallina statiinin vaikutuksien  tutkimuksessa  mevalonaattitien ei-kolesterolisella  synteesilinjalla , koska tämä tie on madoissa hyvin konservoitunut muuten paitsi että niistä puuttuu ne entsyymit jotka tekevät kolesterolia.

Tutkijat luonnehtivat C-Elegans  mutantin, josta puuttui HMG-CoA-reduktaasi  ja he osoittivat, että sen fenotyypit  ilmentävät  kuin  statiinin  vaikutuksia C-elegansiin, mutta  vakavammassa muodossa.  Tutkijat myös osoittivat ,että proteiinin prenylaation estäminen on kriittinen seuraus mevalonaatitien estymisestä C- elegansissa. Koska tällä madolla  mevalonaatitien estäminen statiinilla  tai  entsyymin puuttuminen  (hmgr-1 mutaatio)  aiheuttaa kasvun jarruttuman ja steriliteetin, on suhteellisen helppoa seuloa esiin resistentit mutantit.

 Tutkijat seuloivat noin 150 000  mutagenisoitunutta haploidia genomia ja eristivät neljä statiiniresistenttiä mutanttia, joilla oli gain-of function- mutaatio atfs-1:ssä, joka on positiivinen säätelijä  mitokondriaaliselle  laskostumattomalle proteiinivastineelle (UPRmt). Kiinnostavaa oli että esi-indusoituminen käytettäessä ethidiumbromidia tai paraquatia  luonnolliseen (  wt) matoon tai imettäväissoluihin antoi myös  statiiniresitenssin.

Tutkijoitten havainnot viittavat siihen, että  statiiniresistenssi  mitokondriaalisen homeostaasin ylläpidolla on monissa lajeissa konservoitua. ja se statiinin  letaali vaikutus, mikä C. elegansissa havaitaan, aiheutuu primääristi proteiinien prenylaation huononemisesta , mikä johtaa mitokondriaaliseen  toiminnanhäiriöön (dysfunction) 

Tutkijat eristivät lisäksi statiiniresistentin mutantin, jossa oli osittainen toiminnanpuuttumismutaatio (partial loss-of-function mutation)  nduf-7:ssä, joka koodaa mitokondriaalisen elektroninkuljetusketjukompleksin (ETC-1) erästä avain komponenttia. Tämä mutaatio aktivoi myös UPRmt ja pitkittää elossapysymistä tuottamalla ROS.  Mielenkiintoista oli että geeni ced-4  vaaditaan C- elegansin  elämän pidentymiseen  nduf-77(et19) mutantissa  mutta ei UDPmt induktioon  tai statiiniresistenssiin. .
Avainsanat:   C. elegans, mevalonate, atfs-1, UPRmt, prenylation, nduf-7, ced-4. (Suom. lb 12.10.2015)





The mevalonate pathway in human is responsible for the synthesis of cholesterol and other important biomolecules such as coenzyme Q (a component of the electron transport chain in mitochondria), dolichols (important for N-linked glycosylation of proteins) and isoprenoids (important for the membrane association of small GTPases). This thesis concerns novel findings about the effect of statin on the mevalonate pathway using C. elegans as a model organism. 
Statins are cholesterol-lowering drugs that inhibit HMG-CoA reductase, which is the rate- limiting enzyme of the mevalonate pathway, hence limiting the synthesis of cholesterol and other products from this pathway. C. elegans is a particularly powerful model to study the effect of statin on the non-cholesterol outputs of the mevalonate pathway because this pathway is well conserved in worms except for the key fact that the enzymes required for the synthesis of cholesterol are absent. 
 We characterized a hmgr-1(tm4368) mutant, which lacks HMG-CoA reductase, and showed that its phenotypes recapitulate the effect of statin on C. elegans but in a more severe form. We also showed that inhibition of protein prenylation is a critical consequence of mevalonate pathway inhibition in C. elegans. Since inhibition of the mevalonate pathway, via statins or hmgr-1 mutation causes growth arrest and sterility, it is relatively easy to screen for resistant mutant.
 We screened ∼150,000 mutagenized haploid genomes and isolated four statin-resistant mutants that carried gain-of- function mutations in atfs-1, a positive regulator of the mitochondrial-unfolded protein response (UPRmt). Interestingly, preinduction of this response using ethidium bromide or paraquat in wild type worms or mammalian cells also conferred resistance to statin. Our observations suggest that statin resistance through maintenance of mitochondrial homeostasis is conserved among species, and that the lethal effect of statins in C. elegans are caused primarily through impaired protein prenylation leading to mitochondria dysfunction. We also isolated an additional statin-resistant mutant that carried a partial loss-of-function mutation in nduf-7, which encodes a key component of the mitochondrial transport chain complex1 (ETC-1). This mutation also activates the UPRmt and prolonged life span through production of ROS. Interestingly, the gene ced-4 is required for lifespan extension in the nduf-7(et19) mutant but not for UPRmt induction or resistance to statin.
 Keywords: C. elegans, mevalonate, atfs-1, UPRmt, prenylation, nduf-7, ced-4. ISBN: 978-91-628-9514-3
ISBN: 978-91-628-9514-3(printed version)
978-91-628-9513-6(electronic version)

torsdag 10 oktober 2013

Vikuuttaako statiini lihaksen leusiiniaminohappostruktuuria?

  • Leusiini on lihakselle tärkeä aminohappo.
Siihen muodostuu leusiini zipper coiled coil, joka osallistuu kontraktion säätelyyn, ei vain sileässä lihaksessa, mutta myös tahdonalaisessa lihaksessa.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=leucine+xzipper+coil-coil+in+regulation+of+sceletal+muscle+contraction 

  • Leusiinin aineenvaihdunta vaikuttuu kolesterolisynteesitiestä.
  • Mikä  ensinnäkin  johtaa leusiinia lihasproteiinin muodostukseen?

  •   Mikä taas johtaa  leusiinia kolesterolin muodostukseen?
http://www.biochemj.org/bj/342/0397/bj3420397a02.gifhttp://www.biochemj.org/bj/342/0397/bj3420397a02.gif

  • Ja toisaalta leusiini, joka on lähtenyt  kohti mevalonaattitietä, ei välituotteista enää palaa aminohapoksi, jolla olisi sijoitus  lihasproteiiniksi. 
  •  Mevalonaattitien esto ei korjaa leusiinin aineenvaihduntaa vaan tekee  ehkä vain jonkin välituotteen kertymää lihaksessa, jonka funktio  tarvitse intaktia leusiinia struktuuriin.
  • Lihaskipujen tavallisuus statiinia käyttäessä  voi  saada selvityksensä leusiinin aineenvaihdunnan häiriöstäkin.
  •  Arveltavasti sellainen lihaskipu ei  treenauksesta tosiaankaan parane, koska leusiinia tarvitaan esim niissä leusiini zipper coiled coil- rakenteissa, jotka osallistuvat  kontraktioon. 
  • Siis kontraktio treenaus  ei paranna lihasvaivaa. 
  • Ehkä statiinin ajoissa  poistaminen ainakin niin kauan kuin on lihasarkuus.Jos lihas pääse atrofioitumaan, palautuminen vaatii ainakin  statiinin poiston. 
  • Leusiinin aineenvaihdunta on hyvin sofistinen ja vaatii  laajemman kartan tekemistä  statiininkäytön vaikutuksen suhteen, arvelen. 
  • Saattaa olla että näitä ongelmia ei havaitse  ne, joiden rakenne ei ole  kovin lihaksikas ja varsinkin jos lihastyön tarve on  mitätön. 

torsdag 1 mars 2012

Statiinien käytön vaaroistakin jotakin

pitää suomentaa myöhemmin:
http://vitals.msnbc.msn.com/_news/2012/02/29/10541444-warning-on-statins-fda-more-open-about-risks

Warning on statins: FDA more open about risks

By Robert Bazell
Chief science and health correspondent
NBC News

Not long ago, statins were jokingly promoted by some doctors with a “put them in the drinking water” argument. Physicians and drug company experts suggested that the ubiquitous cholesterol-lowering drugs -- including Lipitor, Mevacor, Crestor and Zocor -- should be sold over the counter like cold medications, or offered to everyone above a certain age. The medications appeared so beneficial to health and seemed so free of side effects.

But on Tuesday, the Food and Drug Administration issued a new health alert requiring the drugs carry labels warning about confusion and memory loss, elevated blood sugar leading to Type 2 diabetes, and muscle weakness.

“These warnings should put an end to the all the silliness about giving the drugs to everyone,” says Dr. Garret FitzGerald, chairman of pharmacology at the University of Pennsylvania.

Warnings for diabetes, memory loss added to statins

There is no question that statins -- the most profitable and among the most prescribed drugs ever -- have saved or prolonged millions of lives and will continue to do so. Most people at elevated risk for heart disease should be taking statins. The big issue now will center on determining whose risk is low to moderate and may not need medication.

The not-so-well-kept secret is that a daily dose of statin allows millions to eat whatever fatty food they like without worrying how it affects their cholesterol levels. That’s a tempting proposition. At the same time, drug companies find nothing more appealing than a pill that healthy people take daily for the rest of their lives. These two motivations combine to get million on statins who may not need them -- not much of a problem if there are no risks. But now we have evidence there is.

The FDA approved the first statin, Merck’s lovastatin, in 1987. Other companies produced their own versions over the last two decades as evidence of the drugs’ effectiveness continued to accumulate, adding to their popularity. But, early on, plenty of side effects warnings popped up.

Every time NBC News reported on statins I would receive many communications from viewers who had suffered the muscle-weakening condition, known as rhabdomyolysis, after taking the medication. When they stopped the drug, their muscles usually returned to normal. Doctors who frequently prescribe statins report that a certain percentage -- the best guess is about ½ to 1 percent -- suffer the muscle problems. That’s a rare occurrence as side effects go, but when many millions are taking the drugs, the numbers add up.

As for elevated blood sugar and memory problems, both conditions have been reported for years, but it is harder to guess how widespread the complications are. In fact, last month, a survey of 150,000 participants in the Women’s Health Initiative -- the government’s gigantic study that ended most hormone replacement -- found that older women taking statins were 48 percent more likely to develop diabetes. (The researchers tried to control for obesity and other risk factors.)

Because most people who take statins tend to be older, they’re already more likely to develop diabetes or memory problems. The only test to accurately measure the risk from statins would be a long, controlled trial of thousands of people at low risk for heart disease where half get the drug and half get a placebo. No drug company will pay for it.

Astra Zeneca’s Crestor remains the only statin still under patent protection, and it would be foolish for that company to go looking for harmful side effects. The government’s resources for big expensive studies grow ever more scarce. We may never know the true danger, but at least now the drugs have labels telling patients and doctors to be aware of them

Why did the FDA chose to label the drugs now when the danger signs have been around for years? There is no official answer, but the officials in charge of the FDA now have shown far more willingness to be honest about public health risks than many of their recent predecessors.

As for whether you or a loved one should be taking a statin drug: This is certainly not an automatic decision, but definitely a subject for a discussion with your physician. Because of the FDA’s labeling actions that decision should now be far better informed.

tisdag 10 januari 2012

Isoprenylaatio ja sen inhibitio

http://leabright.wordpress.com/2012/01/09/isoprenylation-2/

http://leabright.wordpress.com/2012/01/09/isoprenylation/

Isoprenoidien biosynteesi tuottaa luonnon laajimman pikkumolekyylien luokan, isoprenoidit eli terpenoidit. Eipä ihme että koetetaan keksiä lääkkeitä, joilla voidaan saada kohdentumaa isoprenoidien biosynteesiin. Onkin löydetty tehokkaita kuten kolesterolia alentavat lääkkeet mm. Lipitor ja osteoporoosin hoidossa käytetty Fosamax sekä monet anti-infektiiviset valmisteet, jotka kohdistuvat johonkin isoprenoidisynteesin vaiheeseen.

MUTTA samaan aikaan maailmassa kehkeytyy lääkeresistenssiä vakavissa taudeissa kuten malariassa, tuberkuloosissa ja stafylokokki-infektioissa ja edelleen puuttuu ekonomisia tehokkaita lääkkeitä välinpitämättömämmin hoidettujen trooppisten tautien terapiaan. Syövänvastaisten lääkkeittenkin kehittely etenee suhteellisen kankeasti.

Tässä kentässä ISOPRENOIDIEN BIOSYNTEESI on erittäin kiinnostava kohde, josta koetetaan louhia esiin terapeuttisia mahdollisuuksia.
Artikkeli kuvaa kehityksen kulkua neljällä alueella käyttämällä kemiallisperäistä tietämystä inhibiittorien kehittelystä johtuen lopulta näennäisesti alussa mainituista neljästä alueesta riippumattomalle terapioita etsivälle alueelle.

in this Account, I describe developments in four areas, using in each case knowledge derived from one area of chemistry to guide the development of inhibitors (or drug leads) in another, seemingly unrelated, area.
  • ENSIKSIKIN kirjoittaja kuvaa entsyymin IspH tutkimuksia. Tätä entsyymiä on malariaparasiiteissa ja kaikkein patogeenisimmissa bakteereissa, mutta ei ihmisessä. IspH on 4Fe-4S-proteiini ja tuottaa viiden hiilen (5C) isoprenoideja IPP ( isopentenyylidifosfaatteja) ja dimetyyliallyylidifosfaatteja DMAPP (2H(+)/2e(-)reduktioreaktiolla HMBPP molekyylistä, jossa allyylli alkoholi redusoituu alkeeniksi. (HMBPP on (E-1-hydroxy-2-methyl-but-2-enyl-4-diphosphate) Mekanismi on epätavallinen koska se käsittää organometallolajeja
  • ( The “metallacycles” (η(2)-alkenes) and η(1)/η(3)-allyls).
  • Nämä havainnot johtivat uusien alkyyni-inhibiittoreiden löytämiseen, jotka myös muodostivat metallacycle rakenteita.
  • TOISEKSI kirjoittaja kuvaa FPP-syntaasin rakenteellistoiminnallisia inhibitiotutkimuksia. FPP-syntaasi on makromolekyyli, joka kondensoi IPP-molekyylin ja sen allyylin DMAPP molekyylin ( head- to - tail- tapaan. seskviterpeenifarnesyylidifosfaatiksi (FPP) . Tämä entsyymi käyttää karboksaatiomekanismia ja sitä estää vahvasti bifosfonaatit( luuresorptiolääkkeet). Ja tässä kirjoittaja osoitti, että ne ovat myös antiparasiittiaineita, jotka voivat blokeerata protozooan sterolibiosynteesin.
  • This enzyme uses a carbocation mechanism and is potently inhibited by bone resorption drugs (bisphosphonates), which I show are also antiparasitic agents that block sterol biosynthesis in protozoa.
  • Lisäksi hän mainitsee lipofiilisten bifosfonaattien kykenevän estämään proteiinien prenyloitumisen ja invasiivisuuden tuumorisoluissa sekä myös ne pystyvät aktivoimaan gamma/delta T-soluja tappamaan tuumorisoluja, mitkä seikat ovat tärkeitä uusia johtolankoja onkologian alalla.
  • Moreover, “lipophilic” bisphosphonates inhibit protein prenylation and invasiveness in tumor cells, in addition to activating γδ T-cells to kill tumor cells, and are important new leads in oncology.
  • KOLMANNEKSI kirjoittaja kuvaa St.c. aureuksen erään entsyymin rakenteellisfunktionaalisia inhibitiotutkimuksia, nimittäin head-to head-liitoksia tekevää triterpeeenisyntaasia CrtM ( dehydroskvaleenisyntaasia). CrtM katalysoi tämän bakteerin karotenoidirakenteisen virulenttitekijän stafyloxantiinin biosyhteesin ensimmäistä vaihetta, jossa kaksi FPP molekyyliä kondensoituvat syklopropaaniksi ( preskvaleenidifosfaatiksi). Stafylokokin CrtM entsyymi on samantapainen kuin ihmisen skvaleenisyntaasi (SQS) ja niinpä muutamat SQS-estäjät (joita on kehitelty alunperin kolesterolia alentaviksi lääkkeiksi) blokeeraavat stafyloxantiinin biosynteesin.
  • The structure of CrtM is similar to that of human squalene synthase (SQS), and some SQS inhibitors (originally developed as cholesterol-lowering drugs) block staphyloxanthin biosynthesis.
  • Jos nyt bakteeri on täten käsitelty, se on valkoinen ja nonvirulentti, koska siltä nyt puuttuu karotenoidinen kilpi, joka suojeli sitä valkosolujen neutrofiilien käyttämää asetta reaktiivisia happilajeja kohtaan ja täten stafylokokista tulee altiimpi kehon luonnollisen immuniteetin puhdistustoimenpiteille, mikä on uusi terapeuttinen lähestymistapa.
  • Treated bacteria are white and nonvirulent (because they lack the carotenoid shield that protects them from reactive oxygen species produced by neutrophils), rendering them susceptible to innate immune system clearance–a new therapeutic approach.
  • NELJÄNNEKSI amiodaronista. Kirjoittaja osoittaa sydänlääkkeen omaavan myös antifungaalia, sienen vastaista vaikutusta. Se blokeeraa ergosterolin biosynteesin oxidoskvaleenisyklaasientsyymin vaikutustasossa Trypanosoma cruzi parasiitissa. Ja niin on alettu käyttää tätä lääkettä uutena antiparasiittisena aineena.
  • And finally, I show that the heart drug amiodarone, also known to have antifungal activity, blocks ergosterol biosynthesis at the level of oxidosqualene cyclase in Trypanosoma cruzi, work that has led to its use in the clinic as a novel antiparasitic agent.
Jokainen esimerkki antaa tietoa (organometallikemiasta, luun resorptiolääkkeistä, kolesterolia laskevista aineista, sydäntaudin lääkkeestä) , josta käsin saa kehiteltyä lääkettä aivan edellistiä alueista riippumattomalla alueella. Tieteelliseen tietämykseen perustuva lähestymistapa on tärkeä edistys etsittäessä uusia lääkkeitä.
  • In each of these four examples, I use information from one area (organometallic chemistry, bone resorption drugs, cholesterol-lowering agents, heart disease) to develop drug leads in an unrelated area: a “knowledge-based” approach that represents an important advance in the search for new drugs.

tisdag 1 februari 2011

Kertausta: STEROLIEN biosynteesin otsikoita

Glossary of Biosynthesis of Sterols

Start Studying! Add Cards ↓



2 sources of cholesterol:
1. Diet
2. De novo synthesis in all cells
4 predominant tissues of Sterol biosynthesis:
1. Liver
2. Adrenal cortex
3. Intestine
4. Reproductive tissues
Main sites where cholesterol functions: (2)
1. Cell membrane component
2. CNS/brain myelinated structures
2 Direct Derivatives of Cholesterol
1. Steroid hormones
2. Bile acids
8 Derivatives of Cholesterol INTERMEDIATES:
-Vitamens D/E/A/K
-Carotenoids
-Rubber
-Plant hormones
-Phytol chain of chlorophyll
-Dolichols
-Ubiquinone/Plastiquinone
-Isoprene
Plant hormones (2):
-Abscisic Acid
-Gibberellic acid
3 Most important derivatives of cholesterol to remember:
-Steroid hormones
-Bile acids
-Vitamin D
In what form is cholesterol in membranes?
Unesterified - FREE
What distinguishes free unesterified cholesterol from esterified?
An -OH instead of Acyl
What enzyme makes free cholesterol esterified?
ACAT - Acyl-CoA Cholesterol Acyl Transferase
What reaction does ACAT catalyze?
Incorporates Fatty AcylCoA into Cholesterol w/ subsequent release of CoASH.
When does ACAT work? Why?
When membranes have too much free cholesterol ACAT esterifies it for intracellular storage or lipoprotein transfer.
What is the function of cholesterol in membranes?
Regulates fluidity and lateral mobility of proteins in the lipid bilayer.
What is the storage form of cholesterol called?
Cholesteryl Ester
What type of molecule is cholesterol?
Amphipathic
Nonpolar = 4 hydrocarbon rings
Polar head = OH
How many carbons are in cholesterol?
27
What allows cholesterol to circulate in the blood?
Apolipoproteins
What is the carbon source for cholesterol synthesis de novo?
Acetyl CoA
3 Sources of AcCoA:
1. FA beta-oxidation (mitochon)
2. Ketogenic amino acid oxidation (leucine/isoleucine)
3. PDH reaction
PDH Cofactors:
-TPP
-Lipoamide
-FAD
Reaction of PDH:
Pyruvate -> AcCoA
What enzyme catalyzes the COMMITTED STEP of Cholesterol biosynthesis?
HMG-CoA Reductase
What are the 4 major stages of cholesterol biosynthesis?
0. Acetate
1. Mevalonate
2. Activated Isoprenes
3. Squalene
4. Cholesterol
What happens in Cholesterol biosynthesis Stage 1? Enzymes?
AcCoA -> Mevalonate
-3 reactions
-Thiolase, HMG-CoA Synthase, HMG-CoA Reductase
What is important re: first 2 reactions in Mevalonate synth?
They are shared with Ketogenesis
What is different about Ketogenesis vs. Mevalonate?
Ketogenesis = mitochondria
Cholest Synth = Cytosol

Hence dif. pools of enzymes
What are the enzymes shared by Ketogenesis & Mevalonate synth?
-Thiolase
-HMG-CoA Synthase
In what tissue are the cytosolic and mitosolic pools found?
Liver Parenchymal cells
Why is Mevalonate synthesis so very important?
Its 3rd reaction is the Commitment step of cholesterol biosynthesis
Where do HMG-CoA reductase and subsequent reactions occur?
Probably in peroxisomes.
What occurs in the 1st reaction of Mevalonate synthesis? Enzyme?
2 AcCoA condensation - releases one CoASH
-Via Thiolase
What is the product of Thiolase?
Acetoacetyl-CoA
What occurs in the 2nd reaction of Mevalonate synth? Enzyme?
Acetoacetyl-CoA is condensed with another AcCoA
-Via HMG-CoA synthase
What is the product of HMG-CoA Synthase?
HMG - b-hydroxy-b-methylgutaryl-CoA
What occurs in the 3rd reaction of Mevalonate synth? Enzyme?
CoASH released from far end of HMG-CoA; C=O reduced to CH2-OH; the protons donated by 2NADPH;
-Via HMG-CoA Reductase
Where is HMG-CoA reductase found, and how is it situated?
-Integral - in the cell membrane
-Active site on cytosolic side
Product of HMG-CoA reductase is:
Mevalonate
What does Mevalonate get converted to? How?
5-Carbon Activated isoprenes by Decarboxylation
How many reactions and enzymes are needed for stage 2 of cholesterol biosynthesis?
4 Reactions/3 enzymes
Enzymes in 5C Activated Isoprene synthesis:
1. Mevalonate 5-phosphotransferase
2. Phosphomevalonate kinase
3. Pyrophosphomevalonate Decarboxylase
Key thing to remember about stage 2 of cholest. biosynth:
IT REQUIRES 3 total ATP
What happens in the 1st reaction of stage 2?
PO4 added to terminal carbon of Mevalonate - replaces the -OH created by HMGCoA reductase.
What happens in the 2nd reaction of stage 2?
Add another PO4 right onto the one added in reaction 1.
What happens in the 3rd reaction of stage 2?
Add another PO4 onto the beta carbon of pyrophosphomevalonate.
What enzymes catalyze reactions 1 and 2?
1. Mevalnt 5-phosphotransferase
2. Phosphomevalonate kinase
What enzyme catalyzes reactions 3 and 4 of stage 2?
Pyrophosphomevalonate decarboxylase - same enzyme for both reactions.
What occurs in reaction 4 of stage 2?
Decarboxylation of carbon 1 and loss of PO4 from carbon 3
What results from decarboxylating 3-Phospho-5-pyrophosphomevalonate?
2 isomers:
-d3-isopentenyl pyrophosphate -Dimethylallyl pyrophosphate
What happens in Stage 3 of cholesterol biosynthesis? (in broad terms)
Condensation of 6 activated 5-C isoprene units to make Squalene
What substrate is used in stage 3?
1 NADPH
So substrates for:
-Stage 1
-Stage 2
-Stage 3
1 = 2 NADPH
2 = 3 ATP
3 = 1 NADPH
How many steps are entailed in Stage 3 of cholesterol synth?
3 steps: C5 -> C10 -> C15 -> C30
What enzymes are used in Stage 3?
-Prenyl transferase (Rxns 1/2)
-Squalene synthase (Rxn 3)
What terms describe the nature of the 3 condensation reactions?
Rxns 1/2 = head-to-tail

Rxn 3 = head-to-head
What are the intermediates in Squalene synthesis? How many Cs?
1. Geranyl PPi (10 C)
2. Farnesyl PPi (15 C)
What is important about Farnesyl PPi?
Used in post-translational protein modification
Where does Farnesylation occur on proteins?
C-terminal Cysteine residue
What is unique about the final condensation of 2 Farnesyl PPi?
-Head-to-Head
-Requires NADPH
What enzyme catalyzes the final step of stage 3?
Squalene synthase
How many carbons are in squalene? How many in cholesterol?
Squalene = 30

Cholesterol = 27
What needs to happen to squalene to make cholesterol?
Cyclization to close rings
In Squalene-Cholest conversion:
-How many reactions?
-How many enzymes?
-What substrates?
-13 reactions
-11 enzymes
-1 NADPH
How does Squalene cyclization get started?
By activating it to Squalene Epoxide
What enzyme makes Squalene 2,3-Epoxide?
Squalene monooxygenase
What does Squalene monooxygenase require?
1 molecule of O2
1 NADPH
What enzyme cyclizes Squalene 2,3-Epoxide?
Oxidosqualene cyclase
What is the product of oxidosqualene cyclase action?
Lanosterol
What needs to happen to Lanosterol to make cholesterol?
(3 things)
-Demethylation of 3 Carbons
-Reduce a double bond
-Migrate another double bond
Substrates used in
-Stage 1 (HMG-CoA reductase)
-Stage 2
-Stage 3 (squalene synthase)
-Stage 4 (squalene monoxygnase
-Stage 1: 2 NADPH
-Stage 2: 3 ATP
-Stage 3: 1 NADPH
-Stage 4: 1 NADPH
3 Inherited disorders of Cholesterol Biosynthesis:
1. Chondrodysplasia punctata
2. Latherosterolosis
3. Smith-lemli-Opitz syndrome
What are the cholest biosynth inherited disorders associated with?
Developmental malformities
What is the problem in these disorders?
Low cholesterol levels - lack of Hedgehog morphogens b/c they are made by post-transl. attachment of cholesterol.
What is the main regulatory target in cholesterol biosynth?
HMG-CoA Reductase
3 levels of Regulating HMG-CoA reductase:
1. Gene Transcription
2. Proteolysis
3. Phosphorylation
How is gene transcription of HMG-CoA reductase regulated?
By SREBPs
Sterol Regulatory Element Binding Proteins
Where are SREBPs normally located? When is this the case?
In the ER - when cholesterol is high (biosynthesis unnecessary)
What happens to SREBPs when serum cholesterol gets low?
SCAP (on ER membrane) senses low levels; it travels to Golgi w/ SREBP, then cleaves SREBP
What part of SREBP gets cleaved; where does it go?
N-terminus -> goes to the nucleus to bind the SRE for HMG-CoA reductase.
What is SRE?
Sterol Regulatory Element
Result of SREBP binding to SRE?
Activated transcription of HMG-CoA reductase hence increased cholesterol biosynth.
What causes proteolysis of HMG-CoA reducatase?
metabolites of cholesterol
What 2 things do Cholesterol metabolites inhibit?
What do they ACTIVATE?
-HMGCoA reductase (proteolysis)
-Extracellular uptake from LDL via receptor mediated endocytos.
-Activates ACAT for esterifictn
Phosphorylated HMG-CoA is ____
Dephosphorylated HMG-CoA is ____
Phosph = inactive

Dephosph = active
What stimulates HMG-CoA phosphorylation/dephosphoryltn?
Glucagon -> phosphorylate

Insulin -> dephosphorylate
How does glucagon stimulate phosphorylation of HMG-CoA red?
Via AMP-activated protein kinase
How does insulin stimulate dephosphorylation of HMG-CoA rd?
Via HMG-CoA Reductase Phosphatase
What are Statins?
Competitive Inhibitors of HMG-CoA reductase
What are the 4 Statins?
-Compactin
-Simvastatin (Zocor)
-Pravastatin (Pravachol)
-Lovastatin (Mevacor)
What are Statins used for?
To treat familial hypercholesterolemia
What pleiotropic effect is exhibited by statins?
Improved endothelial function via increased ENOS activity -
is how Viagra was discovered.
End product of cholesterol is:
Bile acids
Where are bile acids made? From what?
In liver from cholic acid
What is cholic acid?
Derivative of Cholesterol that is more soluble - 24 Carbons and 3 OH
What is the function of bile acids?
To emulsify fats in prep for pancreatic lipase
What happens to bile acids after release from gallbladder to intestine?
Reabsorbed - synthesis is not enough to meet physiolog demands.